Нефрологическое отделение традиционно являлось структурным подразделением Морозовской детской городской клинической больницы (МДГКБ) с момента основания стационара. Во время перестройки и реорганизации больницы нефрологические койки продолжали существовать в рамках оказания педиатрической помощи.
В октябре 2018 года нефрологическое отделение вновь стало самостоятельной единицей крупнейшей в России многопрофильной больницы.